Danilo Petrucci stavolta partirà dalle retrovie. Il pilota del team Pramac non è riuscito a inserire la sua ducati fra i dodici piloti che partecipano alle Q2 e ha terminato le sue qualifiche al settimo posto che corrisponde al 17esimo sulla griglia di partenza. Il pilota ternano non ha mostrato un gran feeling con la pista giapponese di Motegi. In questa prima parte del weekend non è mai riuscito a scendere sotto il minuto e quarantacinque alto, troppo poco per sperare di posizionare la sua carena sulle prime file dello schieramento. Danilo ha lamentato problemi in frenata e nei cambi di direzione e ha provato diversi assetti senza troppo successo.
La pole è andata Jorge Lorenzo con un 1.43.790, seguito a soli 81 millessimi da Valentino Rossi. Terzo Marquez, con a ruota Dovizioso, Iannone e Pedrosa.
Le qualifiche sono iniziate con circa trenta minuti di ritardo a causa di una brutta caduta nelle libere di Alex De Angelis.
La gara sarà trasmessa anche in chiaro a partire dalle sette del mattino.